Megszületik az első eszköz a koronavírus genomjának követésére Spanyolországban
A NextSpain lehetővé teszi a vírusfajták fejlődésének követését Spanyolországban. A kórházak és a kutatóközpontok együttműködve követik a kórokozó nyomát, amely "több különböző úton" jutott el hozzánk.
Publikálva 2020.03.31. 20:57 Frissítve
A genetikai szakemberek szerte a világon fáradhatatlanul dolgoznak a SARS-CoV-2 koronavírus nyomában ahogy elterjed az egész világon. Feladatuk, hogy mintákat vegyenek a betegektől, és elemezzék a vírusgenomot minden helyszínen., hogy hogyan mutálódott. Ezt a hatalmas filogenetikai fát feltöltik a GISAID adatbázisba, és az információkat nyíltan megosztják a világ minden tudósával a Nextstrain platformon keresztül, amely egy olyan vizualizációs eszköz, amely felfedi a világjárvány előrehaladásának néhány legérdekesebb aspektusát. Spanyolországban több csoport dolgozik ezen az elemzésen. Az egyik Fernando González-Candelas genetikai professzoré aki a FISABIO és a Valenciai Egyetem közös kutatási egységén keresztül hozzájárult ehhez a platformhoz a spanyol esetekből származó első adatokat. Most ő és csapata létrehozta a NextSpain-ot (NextSpain.uv.es), az első eszköz, amely csak a Spanyolországban gyűjtött adatok megosztását és megtekintését teszi lehetővé, amely jelenleg teszteken van.
"Olyan platformot fejlesztünk, amely egyfajta Nextstrain of Spain”González-Candelas magyarázza Vozpópulinak. "És itt kitesszük azokat az izolátumokat, amelyeket hazánkból beépítettek a Nextstrain-be, és akiket azoknak szenteltek, akik érdeklődnek az itt történtek figyelemmel kísérése iránt. Eddig csapata a vírus 40 mintájának genomját elemezte spanyol betegeknél (Közülük 18 madridi, 9 a valenciai közösségből, a többi pedig hat másik autonóm közösségből származik), de a többi csapat által elemzett genomokat hamarosan beépítik. A munkadinamika abból áll, hogy a diagnosztikai vizsgálatokat végző mikrobiológiai központok elküldik nekik az e vizsgálatokból megmaradt genetikai anyag egy részét és velük együtt a csapat elemzi a vírus egyes változatainak RNS-ét. "Ezt az RNS-t egy másik molekuláris biológiai eljárásba vezetjük be, amely néhány óra vagy nap elteltével a vírus teljes genomjának szekvenciáját adja meg nekünk. Ezután feltöltjük a GISAID-be, ahol a Nextstrain kivonja az adatokat ”- magyarázza.
Jelenleg negyven minta "kevés", elismeri a kutatót, de célja az, hogy néhány héten belül ezrei legyenek, hogy jobban megértsék, milyen evolúcióval volt a vírus hazánkban, és melyek a bejutás és a fertőzés útjai. Más országokkal összehasonlítva még mindig messze vagyunk az Egyesült Államok 474 mintájától, amelyet 422 követ az Egyesült Királyságból és Izlandból, amelynek 301 (a legnagyobb arányban). "Már van egy kért projektünk, amely támogatást kezdett kapni a CSIC-től" - mondja González-Candelas. "Van 40 kórházunk, egy kutatóközpontunk, és sok intézmény érdeklődik".
Együttműködő munka
González-Candelas csapata nincs egyedül ebben a koronavírus genetikai szűrésében. Ezen a kedden María Iglesias csapata, a Carlos III Egészségügyi Intézet (ISCIII) Országos Mikrobiológiai Központjának (CNM) Légzőszervi Vírusok Laboratóriuma bemutatta a vírus teljes genomjának elemzését a betegek több tucat légzőmintájából. Spanyolország különböző földrajzi területeiről. „14-et tettünk közzé, holnap még nyolcat adunk hozzá, és további 24-en jelentek meg”- magyarázza Iglesias Vozpópulinak. Ezek különböző minták, amelyeket a GISAID-n keresztül hozzáadnak a NextSpain térképhez, ahova az összes elemzést feltöltik. Ebben az esetben az ígéretes, hogy az ISCIII referenciaközpontként képes ezer mintához hozzáférni. Az Iglesias csapata azt reméli, hogy a közeljövőben minden héten 24 és 48 vírusgenom elemzést foglal magában..
"A határok lezárása nem volt hasznos a pandémia terjedésének megakadályozásában"