Szelektív szenzoroperátor felismerés a monovalens fémekre adott válaszszabályozókban

A szöveg kész

(1) BIOKÉMIAI ÉS GYÓGYSZERÉSZETI TUDOMÁNYOK KARA UNIVERSIDAD NACIONAL DE ROSARIO. Rosario Molekuláris és Sejtbiológiai Intézete. Biológiai tudományok doktori értekezése. Szelektív szenzor/operátor felismerés monovalens fém válaszszabályozókban Salmonella enterica-ban Bemutatja: María Victoria Humbert licencigazgató: Dr. Fernando C. Soncini. Rosario, Argentína 2014.

szenzoroperátor

(2) 1. Szelektív érzékelő/operátor felismerés egyértékű fémválasz-szabályozókban a Salmonella enterica-ban. María Victoria Humbert Diplomás biotechnológiai karon, Biokémiai és Gyógyszerésztudományi Karon, Rosario Nemzeti Egyetemen. Ez a tézis a biológiai tudományok doktori fokozatának megszerzéséhez szükséges követelmények részeként kerül bemutatásra a Rosario-i Nemzeti Egyetemen, és korábban nem került bemutatásra ahhoz, hogy újabb diplomát szerezzen ezen vagy egy másik egyetemen. Tartalmazza a Rosario Molekuláris és Sejtbiológiai Intézet (IBR-CONICET), a Biokémiai és Gyógyszerésztudományi Kartól függő kórokozó mikroorganizmusok molekuláris biológiája területén végzett kutatások eredményeit, 2009. június 4. között. és 2014. március 27-én, Dr. Fernando C. Soncini irányításával.

(3) 2. Családomnak és barátaimnak.

(6) Index. MUTATÓ RÖVIDÍTÉSEK. 10. BEVEZETÉS. 13. 1. A Salmonella nemzetség 1.1. A szalmonella fertőző ciklusa és a környezetben való túlélés. 14 15. 2. Az Escherichia nemzetség. 16. 3. Salmonella enterica és Escherichia coli mint vizsgálati modell. 17. 4. Átírási szabályozók. 18. 4.1. MerR transzkripciós szabályozók családja. 18. 4.2. A MerR család szabályozóinak felépítése. 19. 4.2.1 HTH domén: közös nevező a transzkripciós szabályozókban 4.3. A MerR szabályozók és kölcsönhatásuk a DNS-sel. 20 23. 4.3.1 Tipikus MerR szabályozók: Klasszikus transzkripciós szabályozási paradigma 4.3.2 Nem konvencionális MerR szabályozók. 23 26. 4.3.2.1 CarA/CarS szabályozók. 28. 4.3.2.2 LitR szabályozók. 31. 4.3.2.3 A szabályozók MlrA. 32. 4.3.2.4 BluR szabályozók. 37. 4.3.2.5 Hsp_2 szabályozók. 37. 5. Fémek: esszenciálisak, nem alapvetőek és mérgezőek. 38. 5.1. A fémek osztályozása. 38. 5.2. Homeosztázis stratégiák/átmenetifémekkel szembeni ellenállás. 39. 6. Réz homeosztázis 6.1. 6.2. Réz homeosztázis az E. coliban. 40 41. 6.1.1 A cue regulon. 42. 6.1.2 A regulon cus. 6.1.3 A réz PcoABCD-vel szembeni ellenállás alternatív rendszere. 44. Réz homeosztázis Salmonella-ban 6.2.1 A jel szabály. 45 45. 5.

(10) Index. 2.1. Az STM1266 magas szintje csökkenti a mozgékonyságot. 149. 2.2. Az STM1266 túlzott expressziója serkenti a biofilmek képződését. 150. 2.3. Az STM1266 indukciója növeli a termelést és a szekréciót. 2.4. cellulóz. 152. Az STM1266 magas szintje rezisztenciát kölcsönöz a sztreptomicinnel szemben. 153. 3. STM1266 és annak szerepe a biofilm képződésének szabályozásában. 155. Megbeszélés. 158. 1. A csgD transzkripciós szabályozásának összehasonlító elemzése E. coliban és S. enterica-ban. 159. 2. GGDEF doménnel rendelkező fehérjék: a csgD pozitív szabályozása. 164. 3. EAL doménnel rendelkező fehérjék: a csgD negatív szabályozása. 166. ÁLTALÁNOS KÖVETKEZTETÉSEK. 168. ÖSSZEFOGLALÓ. 174. BIBLIOGRÁFIAI HIVATKOZÁSOK. 176. 9.

(11) Rövidítések. Rövidítések A. Amp. Abs. Abszorbancia DNS. Dezoxiribonukleinsav. AHL. N-acil-homoserin-lakton. Amp. Ampicillin. RNS. Ribonukleinsav. ARNPol. RNS-polimeráz. ATP. Adenozin-5-trifoszfát. BCIP. 5-bróm, 4-klór, 3-indofoszfát. BSA. Szarvasmarha szérum albumin. Cbl. Kobalamin. c-di-GMP. bisz (3 '; 5') -guanozin ciklikus monofoszfát. Vö. Végső koncentráció. Ci. Curie. CIM. Minimális gátló koncentráció. Cm. Klóramfenikol. C-terminál. Karboxil-terminális. DGC. Diguanilát-cikláz. DNáz I. Dezoxiribonukleáz I. DTT. Ditiotreitol. EC. Escherichia coli. EGTA. Etilén-glikol-bisz (p-amino-etil-éter) N, N, N ', N'-tetraecetsav. EMSA. Elektroforetikus mobilitási késleltetési teszt. Strep. Sztreptomicin. Fw. Közvetlen. 10.

(12) Rövidítések g. Gramm. g/l. Gramm literenként. HPLC. Nagynyomású folyadékkromatográfia. HTH. Helix-turn-helix. IPTG. Izopropil-β-D-tiogalaktopiranozid. kA. Egyensúlyi állandó (asszociáció). kb. Kilobase. kD. Egyensúlyi állandó (disszociáció). Km. Kanamicin. LB. Luria Bertani. NB. Tápanyag húsleves. NBT. Nitrotetrazolium kék. nt. Nukleotid N-terminál. Aminoterminál. ONPG. O-nitrofenil-galaktopiranozid. ORF. Nyitott olvasókeret. o. Plazmid. P. promóter. pb. Alappárok. PCR. Polimeráz láncreakció. PDE. Foszfodiészteráz. p) ppGpp. Guanozin-pentafoszfát. p/v. Súly térfogatban. r. Fluoreszcencia anizotropia. A. Ellenálló. NMR. Nukleáris mágneses rezonancia. fordulat. Percenkénti fordulatszám. tizenegy.