A PRPF40B transzkripciós és splicing faktor biokémiai és funkcionális jellemzése - PDF

Granadai Egyetem hivatalos doktori program a biomedicinában A PRPF40B transzkripciós és splicing faktor biokémiai és funkcionális jellemzése Soraya Becerra Ortiz López-Neyra Granada Parazitológiai és Biomedicinológiai Intézet, 2015

transzkripciós

Kiadó: Granadai Egyetem. Doktori disszertáció Szerző: Soraya Becerra Ortiz ISBN: 978-84-9125-072-2 URI: http://hdl.handle.net/10481/40006

SORAYA BECERRA ORTIZ doktorandusz és CARLES Mª SUÑÉ NEGRE doktori értekezés címe A PRPF40B ÁTJELENTÉS ÉS SZLETELŐ FAKTOR BIOKÉMIAI ÉS FUNKCIÓS JELLEMZŐI: A doktori disszertáció aláírásával garantáljuk, hogy a munkát a doktori hallgató végezte a dolgozat rendezőjének iránya és amennyire ismereteink eljutnak a munka elvégzéséhez, más szerzők hivatkozandó jogait tiszteletben tartották, amikor eredményeiket vagy publikációikat felhasználták. Granada, 2015. január 28. A doktori disszertáció igazgatója Aláírva: Dr. Carles Mª Suñé Negre Aláírva: Soraya Becerra Ortiz

funkcionális vizsgálatokkal megmutatjuk, hogy a PRPF40B képes transzkripció aktiválására is. Kimutattuk azt is, hogy a myelodysplasticus szindrómához kapcsolódó mutációk drasztikusan csökkentik a PRPF40B transzkripciós aktivációs képességét.

I. RÖVIDÍTÉSEK 1 II. BEVEZETÉS 7 1. GÉNKIFEJEZÉS. ÁTÍRÁS 9 1.1 RNS-polimeráz 9 1.2 RNAPII CTD 9 1.3 A transzkripció szakaszai 10 1.3.1 Kezdeményezés 10 1.3.2 Nyúlás 10 1.3.2. Végződés 11 1.4 A transzkripció szabályozása 12 2. Az mRNS feldolgozása 14 2.1 A spliceosoma 14 2.2 A 16 exon meghatározása 2.3 Alternatív splicing 17 2.4 Alternatív splicing típusai 18 3. SPLICING SZABÁLYOZÁSA 19 3.1. CIS szabályozási elemek 19 3.2. A transz szabályozásának elemei 19 3.3 Az illesztés szabályozási mechanizmusai 22 4. ÁTJELENTÉS CSATLAKOZTATÁSA ÉS SPLICLING 25 4.1 Kinetikai modell 25 4.2 Rekrutációs modell 28 4.2.1 Transzkripciós és splicing kapcsolási tényezők 29 4.2.2 WW doménnel rendelkező fehérjék és FF 31 AZ EUKARI SEJT 38 5.1 Nukleáris foltok 39 5.1.1 A nukleáris foltok működése 40 5.1.2 A nukleáris foltok összetétele 41 5.1.3 Jelzési tartományok a nukleáris foltok felé 42 6. APOPTOSIS 44 6.1 Külső út 45

6.2 Belső út 45 6.3 Caspases 46 7. APOPTOSIS ÉS SPLICING 48 7.1 Fas szabályozás 49 8. ALTERNATÍV SPLEICING ÉS A BETEGSÉG 51 8.1 A splicing rendellenességek típusai 51 8.2 Alternatív splicing és az idegrendszer 52 8.3 Alternatív splicing a rákban 54 III. CÉLOK 57 IV. ANYAGOK ÉS MÓDSZEREK 61 1. PLASmidok 63 2. Sejtkultúrák és transzfekciók 65 2.1 Sejtkultúrák 65 2.2 Transzfekciók 66 2.3 Sejtkultúrák fertőzése 67 3. MOLEKULÁRIS BIOLÓGIAI ELJÁRÁSOK 68 3.1 Immunfluoreszcencia 68 3.2 RNS kivonás és RT-PCR 69 3.3 Teljes RNS kivonása tömb analízishez 71 3.4 PRPF40B irányított mutagenezise 72 3.5 Luciferáz aktivitási vizsgálatok 72 3.6 In vivo fehérje-fehérje interakciós vizsgálatok 73 3.7 In vitro fehérje-fehérje interakciós vizsgálatok 74 4. Sejtszintű biológiai eljárások 74 4.1 Sejtpusztulás és sejtciklus vizsgálata 75 4.2 Annexin V kötési vizsgálat 75 4.3 Kaszpáz-3 aktivitás mérése 75 4.4 Fas/CD95 membránreceptor expresszió elemzése 76

2. A PRPF40B helyhez szükséges szerkezeti elemek jellemzése 154 3. A PRPF40B kölcsönhatásba lép az SF1 és az U2AF spliceoszómakomponensekkel 65 156 4. A PRPF40B modulálja az alternatív splicingeket 157 5. A PRPF40B részt vesz az apoptózis folyamatában 159 6. A PRPF40B az idegszövetekben és funkciókban különbözõen fejezi ki magát a transzkripció aktivátoraként 159 7. A PRPF40B implikációja az AML-ben 162 8. A PRPF40A és a PRPF40B közötti hasonlóságok és különbségek 164 9. PRPF40B mint transzkripciós és splicelési folyamatok összekapcsolója 165 VIII. BIBLIOGRAPHY 169