A ttc25 változatai befolyásolják az autista tulajdonságokat az autizmus spektrum zavarban szenvedő betegeknél és

változatai

  • Tárgyak
  • Összegzés
  • Bevezetés
  • Anyagok és metódusok
  • Felfedezési minta
  • Genotipizálás
  • statisztikai elemzés
  • Bioinformatikai elemzés.
  • Replikációs minták
  • Pszichiátriai Genomikai Konzorcium (PGC)
  • Erasmus Rucphen családi tanulmány (ERF)
  • Eredmények
  • Pályaelemzés
  • Vita
  • Kiegészítő információk
  • Word dokumentumok
  • Kiegészítő információk

Tárgyak

  • Autizmus spektrum rendellenességek
  • Teljes genom társulási vizsgálatok

Összegzés

Bevezetés

Az autizmus spektrum zavara (ASD) egy neurodevelopmentális rendellenesség, amelyet a társas kommunikáció és a társas interakció hiányai, valamint a tevékenységek és a viselkedés korlátozott és ismétlődő mintái jellemeznek, korai fejlődéssel. 1 Az ASD azonban klinikai kritériumokon alapuló pszichiátriai diagnózis, és ezeknek a jellemzőknek a súlyossága olyan kvantitatív jellemzőkként mérhető, amelyek az egész populációra kiterjedő folytonosságot jelentenek, az ASD pedig az eloszlás legvégső végén található. 2 Egyéb kapcsolódó, de nem alapvető jellemzők az értelmi fogyatékosság, a figyelemzavar és az orvosi kísérő betegségek. 3 Az ASD prevalenciáját 62/10 000 4-re becsülik, a fiúk és a lányok arányával

Bár a közös változatok egyéni hatása szerény, együttes hatásuk jelentős lehet. 25 Ebben a tanulmányban az egyes variánsok ASD-ben kifejtett hatásának értékelése mellett egy gén több egyedi változatának együttes hatását értékeltük egy genom egészére kiterjedő génalapú asszociációs elemzésben egy belga flamand kohortból származó, genotipizált ASD-s betegeknél. sűrű genotipizáló mátrixban.

Anyagok és metódusok

A tanulmány tervezésének és munkafolyamatának áttekintését az S1 kiegészítő ábra szemlélteti.

Felfedezési minta

A felfedező minta 160 nukleáris belga flamand családból állt (657 egyén; S2 kiegészítő táblázat). A családokat toborozták a prospektív tanulmányban való részvételre a leuveni Autizmus Szakértői Központon (RCT) keresztül. Az összes próba a toborzás előtt többször látta egymást az RCT-n végzett klinikai ellátási program részeként. Arra kérték a családokat, hogy vegyenek részt abban az esetben, ha klinikai genetikai vizsgálat után legalább egy, ismeretlen eredetű nem szindrómás ASD diagnózisú gyermek van. A 160 család közül 55 multiplex volt (két vagy több ASD-s testvér) és 105 egyszerű. Hat családban az apát ASD-vel is diagnosztizálták, így az érintett férfiak 77,7% -a és az érintett nők 22,3% -a volt 3,5: 1 férfi-nő arányban. Közülük 88,4% -uk intelligenciája normális és magas, míg 11,6% -uknak enyhe, közepes vagy súlyos értelmi fogyatékossága volt.

Az ASD diagnózisát egy multidiszciplináris csoport végezte a Leuveni RCT-ben a DSM-IV-TR (American Psychiatric Association, 2000) kritériumai szerint. Ezenkívül a résztvevőket kvantitatív autista tulajdonságok alapján értékelték a Social Response Scale (SRS) holland változatával és a Social Response Scale for Adults (SRS-A) segítségével, amelyek az ASD-vel összefüggő társadalmi károsodások széles súlyosságának mérésére készültek. 31, 32 teljes kérdőívet kaptunk 490 probandára, szülőre és testvérre. Az érintett betegek között, akik rendelkezésére állt az SRS pontszám, a többség normális és magas intelligenciával rendelkezett (86%). Valamennyi résztvevő számára írásos beleegyezést kapunk. Ezt a tanulmányt a leuveni egyetemi kórházak orvosi etikai bizottsága hagyta jóvá.

Genotipizálás

A felfedezési kohorszból 657 személy genotipizálását a belga KU Leuveni Humángenetikai Központban végeztük a HumanOmni2.5-8 BeadChip használatával, amely több mint 2,3 millió közös egynukleotid polimorfizmust (SNP) tartalmaz, és ritkábban fordul elő The 1000 Genomprojekt (kisebb allélfrekvencia> 2,5%). Az SNP hívást a Genome Studio 2011.1 programban hajtották végre a v1.9 genotipizáló modul segítségével. Az −7 hívási arányú jelzőket eltávolítottuk az elemzésből. Alacsony hívási arányú minták (33. hivatkozás) a később hiányzónak definiált mendeli következetlenségek azonosítására.

statisztikai elemzés

Replikációs minták

Pszichiátriai Genomikai Konzorcium (PGC)

A legújabb PGC GWAS-ban a bináris ASD fenotípus és a kvantitatív autista tulajdonság egyetlen variáns elemzésének főbb megállapításait kerestük. Ez az adatkészlet összesen 6495 szülő-gyermek trióból áll, amelyek megfeleltek az ASD diagnosztikai kritériumainak, és rendelkeztek a genom egészére kiterjedő SNP adatokkal (//www.med.unc.edu/pgc).

Erasmus Rucphen családi tanulmány (ERF)

A kvantitatív autista tulajdonság génalapú elemzésének replikációját az ERF vizsgálatban hajtottuk végre, mivel a kohorsz 1250 résztvevőjét a Baron-Cohen Autism Spectrum Quotient (AQ) teszt alkalmazásával értékeltük kvantitatív autista tulajdonságra, és a résztvevők felét exomes (n = 615) szekvenálva vannak, így nagyobb felbontást biztosítanak genetikai szinten. Azokat az egyéneket, akiknek az exómjait szekvenálták, úgy választották ki, hogy a betegek széles skáláján jó minőségű fenotípus-információkkal rendelkezzenek, és ezért véletlenszerűek az AQ-pontszámok szempontjából (S2 kiegészítő táblázat). Az ERF egy családalapú kohorsz, amely 22 párból származik és 23 generációra terjed ki. 41, 42 Az ERF tanulmányt az Erasmus MC Orvosi Etikai Bizottság hagyta jóvá, amely az OMM (Wet Medisch-wetenschappelijk Onderzoek met mensen) szerint áll össze. A vizsgálat minden résztvevőjétől írásos beleegyező nyilatkozatot kaptak.