Nincs bizonyíték heterozigóta recesszív és heterozigóta ritka változatokra skizofrénia esetén -

Tárgyak

Összegzés

Kimutatták, hogy a géntromboló allélok recesszív öröklődése akár helyspecifikus homozigozitás, akár vegyület-heterozigozitás révén számos mendeli betegség és néhány komplex pszichiátriai rendellenesség mögött áll. Az exom szekvenálási adatai alapján a teljes deléciós variánsok (homozigóta vagy vegyület heterozigóta) megnövekedett terhelését azonosították az autizmusban. Ezenkívül egyetlen nukleotid polimorfizmus mikromaticitási adatainak alkalmazásakor az utódok homozigozitásának vagy autozigozitásának növekedése összefüggésbe hozható a skizofrénia (SCZ) kockázatával. Itt egy nagy svéd esetkontrollos SCZ-mintában (11 244 egyén, közülük 5079-nek exome-szekvencia-adatok állnak rendelkezésre) megvizsgáltuk az önzigozitás és a teljes kiütések hozzájárulását a betegség kockázatához. Nem találtunk bizonyítékot az SCZ-vel való összefüggésre, sem a teljes genomból, sem a specifikus lokuszokról. Megvizsgáljuk azonban a minta nagyságának és a populációs genetikai tényezőknek a lehetséges terhek észlelésének és számszerűsítésének képességét.

változatokra

Bevezetés

A skizofrénia (SCZ) nagyon öröklődő gyengítő rendellenesség (h 2

Míg a szekvenálás lehetővé teszi a pontos teljes genotípusok közvetlen felfedezését, az autozigozitás (leszármazás alapján történő homozigozitás) mértéke szintén informatív lehet a recesszív modellekben. Korábbi tanulmányok SNP mikrorayákat használtak a homozigozitás (ROH) több megabázisú futtatásának azonosítására, amelyek valószínűleg a beltenyésztés nemrégiben tapasztalt autozigozitását tükrözik. 13, 14 Egy 9 388, főleg európai, SCZ esettel és 12 456 kontrollal végzett vizsgálat szignifikáns pozitív korrelációt mutatott ki az egyénre jutó ROH mértéke és a betegség kockázata között. 15 Jelentős egyéni lókuszt azonban nem azonosítottak.

Itt mindkét megközelítést alkalmazzuk egy nagy svéd populációalapú 8, 16 SCZ-es és kontrollminta esetében: először a recesszív modellt teszteljük közvetett módon, összehasonlítva az esetek SNP-ből származó ROH-terhelését a kontrollokkal szemben, másodszor pedig exomszekvenálást használunk a Közvetlenül értékelje a teljes eliminációs változatok terhelését.

Mód

Példa elemzésre és adatgenerálásra.

A mintákat Svédország nemzeti nyilvántartásaiból nyertük, az eseteket a svéd kórházi mentesítési nyilvántartáson keresztül azonosítottuk, és az ellenőrzéseket véletlenszerűen választottuk ki a svéd népesség-nyilvántartásokból. Valamennyi alanynak megfelelő beleegyezés született, és az emberi alanyok intézményi bizottságai jóváhagyták a kutatást. A szekvenálást a Broad Institute-ban végeztük Illumina (San Diego, Kalifornia, USA) GAII vagy HiSeq2000 gépekkel. Az Exome rögzítést az Agilent (Santa Clara, Kalifornia, USA) SureSelect Human All Exon készletének 1. vagy 2. verziójával hajtottuk végre. A minták elemzésével és a szekvencia adatok előállításával kapcsolatos további részletek korábban publikálva voltak. 8 BAM- és VCF-fájl érhető el a dbGaP phs000473.v1 tanulmányból (//www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000473.v1.p1).

Az általuk hívott homozigóta fajok.

A teljes svéd adatkészlet 16 korábban közzétett SNP-jének imputációs adatait használtuk fel, amelyek a szekvenált egyedek szuperhalmazát jelentik. Kiválasztjuk

55k SNP a kiváló minőségű genotípusok hozzávetőleges kötési egyensúlyában, az úgynevezett imputált dózis 5001 esetben és 6243 kontroll. Megpróbáltuk kimutatni a ROH-t a PLINK 17 segítségével, amelynek ROH-hossza> 1 Mb konfigurációs paraméter, legalább egy SNP/100 kb, és egyetlen heterozigóta esemény kiosztása egy 50 SNP-ablakon belül, felosztva a hívásokat, ha 500 kb-ig terjednek marker nélkül . Ez a módszer és a paraméterek kiválasztása képviseli az irodalomban javasoltakat a gondos összehasonlítás után 18, és nagyon hasonlít az ezen adatok egy részénél korábban alkalmazott megközelítéshez. tizenöt