Szérum glükopattern és maackia amurensis lektin-II kötő glikoproteinek a

maackia

  • Tárgyak
  • Összegzés
  • Bevezetés
  • Eredmények
  • A glikopattern megváltozása a szérumokban az ASD és a TD miatt
  • MBG azonosító
  • Az MBG-k gén ontológiai elemzése
  • KEGG útvonal és fehérje kölcsönhatás hálózat elemzése
  • MBG szekvencia motívum preferencia
  • Az MBG expressziója és szialoglikozilezése egyes szérummintákban
  • Vita
  • Anyagok és metódusok
  • Tanulmány jóváhagyása
  • Tárgyak
  • Mintagyűjtés és előkészítés
  • Lektin mikrorakók és adatelemzés
  • Szérum mikrorajzolás és adatelemzés
  • MBG-k izolálása és emésztése
  • LC-MS/MS elemzés
  • Címke nélküli relatív mennyiségi meghatározás spektrális index számítással
  • Adatbányászat és bioinformatika
  • Lektin/gliko-antitest mikrorajzok és adatelemzés
  • további információ
  • Kiegészítő információk
  • PDF fájlok
  • Kiegészítő információk
  • Excel fájlok
  • Kiegészítő táblázatok
  • Hozzászólások

Tárgyak

  • Autizmus spektrum rendellenességek
  • Biomarkerek
  • Glükomika

Összegzés

A proteomikai eszközök lehetővé teszik a technológia által vezérelt, nagy léptékű automatizált vizsgálati módot, amely lehetőséget ad arra, hogy egy adott testfolyadékban meghatározzuk a teljes proteomot, a molekulák jelöltjével kapcsolatos előzetes feltételezések nélkül 12. Ez alapján összesen öt peptidkomponens, amely megfelel négy ismert fehérjének [Apolipoprotein (apo) B-100, H-komplement faktorral kapcsolatos fehérje (FHR1), C1q-kiegészítő és Fibronectin 1 (FN1)] magasabbnak bizonyult az autizmus esetében a kontrollokhoz képest 13. Három potenciális biomarker csúcs azt mutatta, hogy a m/z arány körülbelül 4,40, 5,15 és 10,38 kDa volt, és szignifikánsan megkülönböztette az ASD mintát a kontroll csoporttól, amikor a teljes fehérjéket és a nem peptideket triptikus emésztés után elemeztük 14 .

Teljes méretű kép

Eredmények

A glikopternának megváltozása a szérumokban az ASD és a TD miatt

A lektin mikroszkóp kialakítását és a szérum glikoproteinek ASC és TD csoportokra definiált glikoproteinjeinek eredményeit a 2A, B. ábrán mutatjuk be. Az eredeti adatokat hierarchikus klaszterelemzés céljából importáltuk az EXPANDER 6.0 programba (2. ábra C) . A két csoport 37 lektinjének normalizált fluoreszcencia intenzitását (NFI) és cukorkötési specifitását az S1. Táblázat foglalja össze. A differenciálanalízis eredményeként öt lektin mutatott szignifikáns különbségeket az ASD és a TD csoport között. A MAL-II (Siaα2-3 Gal/GalNAc) és a MAL-I (Siaα2-3Galβ-1, 4GlcNAc és Galβ-1, 4GlcNAc) mutatta a legjelentősebben megnövekedett NFI-ket (szeres változás = 3,33 és 2,20, p

( NAK NEK ) A lektin mikrorajz tervezése. ( ) TD és ASD Cy3-jelölt szérumfehérjék képei lektin-mikroszórákhoz kötve. A fluoreszkáló képeket 70% -os fényszorzóval ellátott csővel és 100% -os lézeres teljesítmény-beállításokkal szkennelték egy Genepix 40 00B konfokális szkennerrel. A tárgylemez egy részét három replikált lektin tömb jelzi. A lektinek jelentős különbségeket mutatnak, fehér keretekkel jelölve. ( C ) NFI hierarchikus klaszterelemzés a 37 TD-1 lektinhez

5. A minták oszlopokban, a lektinek sorokban vannak felsorolva. Az egyes négyzetek színe és intenzitása a kifejezés többi szintjéhez viszonyított kifejezési szintet jelez. Piros, magas; Nézz le; fekete, közepes. A sárga és a kék keret magasabb és alacsonyabb lektinkötési intenzitást jelzett az ASD-vel szemben a TD-szérumokban. ( D ) Az NFI differenciális elemzése öt TD-1 lektin esetében

( A, B ) A peptidek és azok megfelelő glikoproteinek azonosítása TD és ASD szérumokban LC-MS/MS segítségével. ( C ) Az UniProtKB/Swiss-Prot adatbázisból ismert N-glikoproteinek (NY) és O-glikoproteinek (OY), valamint a potenciális N-glikozilációs (NP) és potenciális O-glikozilációs (OP) helyekkel rendelkező előrejelzett glikoproteinek aránya) ( D ) Az azonosított (vörös csillaggal jelölt) GBM KEGG-útvonalának elemzése a komplement- és koagulációs kaszkádokban 60. Piros nyíl, az MBG felfelé történő szabályozása; zöld nyíl, alacsony GBM-szabályozás az ASD-ben. Az azonosított GBM-ek (vörös gömb) fehérje-interakciós hálózatának elemzése, amelyek a szabályozásban felfelé (piros nyíl) vagy lefelé (kék nyíl) voltak szabályozva ( ÉS ) és a negatív szabályozás ( F ) az ASD szérumokban az ingerreakció folyamatairól. ( G ) Lehetséges N-glikozilezési és O-glikozilezési motívumok az aszparagin és szerin maradványok körül az α2-3-hez kapcsolt szialilezett glikopeptid doménhez. A WebLogo relatív frekvencia diagramokat generált a szignifikáns szekvencia motívumhoz. A maradványok magassága nagyjából arányos binomiális valószínűségükkel.

Teljes méretű kép

Az MBG-k gén ontológiai elemzése

KEGG útvonal és fehérje kölcsönhatás hálózat elemzése

Összesen 243 azonosított MBG-ból 184-et jegyeztek fel a DAVID Bioinformatics Resources (6.7 verzió). Ezeket a GBM-eket 6 KEGG útvonalra térképeztük fel, amelyek számolási küszöbértéke ≥5 volt, és P30 értékkel (S1 kiegészítő ábra). Összehasonlítottuk a környező aszparagin-aminosavak helyzetspecifikus aminosav-frekvenciáit (mindkét aminosavban 13 aminosavat), és az [AVH] [KR] xNxxNxSxxxY motívumot (ahol "x" bármilyen maradékot jelöl, az [AVH] és [KR] jelent Számos aminosavmaradékot azonosítottak, amelyek jelenhetnek meg a pozícióban, és a matrica egy lehetséges glikozitot jelez), mint lehetséges aszparagin körüli N-glikozilezési motívum (3G ábra). Érdekes módon az xxxxxxQSDxxYK és xxxxxxHGSxSGx motívumok jelentősen felülreprezentáltak (a növekedés növekedése = 81,62 és 67,07) a GBM-adatokban (3G ábra), amelyek O-kapcsolt glikozilációs motívumokat reprezentálhatnak az α2-3-hoz csatolt szialilált glikopeptid domén szerinmaradványai körül. Az MBG-ben lévő O-glükozitok további megerősítéséhez azonban még mindig sokkal részletesebb vizsgálatokra van szükség.

Az MBG expressziója és szialoglikozilezése egyes szérummintákban

Western-blot-vizsgálatot végeztek a C8B, a szerotranszferrin (TF), a C1QA és az APOD expressziójának igazolására az egyes szérummintákban. Ennek eredményeként a C8B és a TF expressziója nőtt és a C1Q expresszió csökkent négy tesztelt ASD mintában négy TD mintához képest, amelyek összhangban voltak az MS eredményekkel (4A. Ábra). Az APOD expressziója azonban nem különbözött szignifikánsan a TD és az ASD minták között (4A. Ábra). Az LGAM-okat a C8B, TF, C1QA és APOD α2-3-kapcsolt szialoglikozilezésének kimutatására tervezték 15 egyedi TD és 15 ASD szérummintában (4B. Ábra). Ennek eredményeként két csoport között nem találtak szignifikáns különbséget a C8B, TF és C1QA szialoglikozilációban. Az APOD α2-3 siolokozilációja azonban szignifikánsan megnőtt az ASD mintákban a TD mintákhoz képest (p = 0,004) (4C. Ábra). A ROC-görbe elemzéséből kiderült, hogy az α2-3 szialoglikozilezett APOD szérumszintje 0,88 AUC-t eredményezett, 86,7% -os specificitással és 80,6% -os érzékenységgel különböztette meg az ASD-t a TD-től) (4D. Ábra).