RNS vírusok evolúciós dinamikája - Ingyenes letöltés PDF

Rövid leírás

1 Az RNS vírus evolúciós dinamikája Samuel Ojosnegros Martos, 2008. november 14. DOKTORI TÉZISEK Universidad Aut & o.

dinamikája

Leírás

Az RNS vírusok evolúciós dinamikája Samuel Ojosnegros Martos, 2008. november 14

DOKTORI TÉZISEK Universidad Aut´omaoma de Madrid Természettudományi Kar Molekuláris Biológia Tanszék

Samuel Ojosnegros Martos, a biológia szakon végzett hallgató beszámolója a madridi autonóm egyetem doktori fokozatának megpályázására. Madrid, 2008. november.

A jelen doktori értekezésben bemutatott munkát a "Severo Ochoa" Molekuláris Biológiai Központban végezték Dr. Esteban Domingo Solans irányításával, és az Oktatási Minisztérium egyetemi személyi képzésének (FPU) előtti doktori ösztöndíja finanszírozta. és a Tudomány.

Sergióhoz A szüleimhez

Köszönök mindent. RNAázok nem léteznek, totális tudomány. totális tudomány.

SBF: Magzati szarvasmarha-szérum SDD: Sűrűségtől függő szelekció SPC: Poliklonális szérum AIDS: Szerzett immunhiányos szindróma ST: Standard genom 5 'UTR és 3' UTR: Az 5 'és 3' végek nem transzlált régiói, ill. VFA: Láb- száj- és körömfájás vírus HCV: Hepatitis C vírus HIV-1: 1. típusú emberi immunhiányos vírus VSV: Vesikuláris stomatitis vírus ∆: Törlés

ACM: monoklonális antitest AZC: 5-azacytidin (AZC) BHK-21: Hörcsög vesesejtek (baba hörcsög vese) cDNS: DNS másolat d: Közepes távolságú DEAE: Dietil-aminoetil Df: Szabadsági fokok, szabadsági fokok DI-k: Hibásan zavaró részecskék DMEM: Dulbecco módosított sas minimális táptalaj DNS: dezoxiribonukleinsav dNTP: 2'-dezoxinukleozid-5'-trifoszfát ecp: citopátiás hatás EDTA: etil diamin-tetracetátban FA: száj- és körömfájás FU: 5-Fluorouracil G: Guaniniumium hpe: Óra az elektroporáció után IRES: Belső riboszóma belépési helye Kb, Pb: Kilobázisok, bázispárok LCMV: Egér limfocita choriomeningitis vírus M: Molar MDI: A fertőzés sokasága MP: Maximum parsimony MV: Maximális valószínűség NJ: szomszéd csatlakozás nt: Nukleotid PAQ: Quasispecies PBS: Foszfáttal pufferolt sóoldat analízise PCR: Polimeráz láncreakció PFU: D-képző egységek e lemez PolyA: Poliadenilát Poli: Polikribocitidilát PV: Poliovírus R: Ribavirin RNS: Ribonukleinsav RpRd: RNS polimerázfüggő RNS RT: Fordított transzkriptáz RT-PCR: Fordított transzkripciós reakció, majd amplifikáció reakcióval SARS polimeráz láncban: Akut súlyos légúti szindróma

Aminosav kód A (Ala) Alanin I (Ile) Izoleucin R (Arg) Arginin C (Cys) Cisztein K (Lys) Lizin S (Ser) Szerin D (Asp) Aszpartikus L (Leu) Leucin T (Thr) Treonin E (Glu) Glutamic M (Met) Metionin V (Val) Valine F (Phe) Fenilalanin N (Asn) Asparagin W (Trp) Trypt ofano G (Gly) Glicin P (Pro) Proline Y (Tyr) Tirozin H (His ) Histidin Q (Gln) glutamin

Tárgymutató 1. Összegzés (összefoglaló angol nyelven)

15 15 15 15 17 17 18 19 19 21 22 23 24 25 25 25 26 28

4. Anyagok és módszerek 4.1. Eukarióta sejtkultúra. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.2. A használt VFA változatai. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3. Fertőzések . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3.1. Sejtes egyrétegű fertőzések folyékony közegben. . . . . . . . . . . . . 4.3.2. BHK-21 sejtekben félszilárd agar táptalajon történő vírusolás. . . . . . 4.3.3. Titerkorrekció kétféle részecske kiegészítésével fertőző defektusok populációinak plakkjában . . . . . . . . . . .

28 30 30 30 30 31 31 31 32 33 33 34 37

40 40 40 41 41 42

43 43 43 43 44 44 44 44 45 45 45 45 45 45 45 46 46 46 46 49 49 50 51 51 51 52 52 52 52 54 54 56 56 56 57 57 57 57 58 58 59 59

112 112 113 113 114 114

. 114. 115. 115. 116. 116. 117. 117. 118. 118 . . . . . . .

119 120 121 121 121 122 123

8. Filogenetikai függelék

9. Matematikai melléklet: a vírusdinamika alapmodellje a 9.1. Két vírus versengése sejttenyészetben. . . . . . . . . 9.2. In silico dinamika az in vitro dinamikával szemben. . . . . . . . . . . 9.2.1. Kezdeti feltételek. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.2.2. A vírus mennyiségének meghatározása. . . . . . . . . 9.2.3. Modell előrejelzések és kísérleti eredmények. 9.3. Modellparaméterek. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4. Matematikai elemzés. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4.1. Természetvédelmi törvény. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4.2. Paramétertér . . . . . . . . . . . . . . . . . .